科技顧問組
負責推動行政院指定之相關科技發展方案及對行政院提出科技研究發展政策之建議，亦負責基因改造科技跨部會工作小組之召集
國家科學委員會
促進包括生物科技在內之科學基礎研究發展，並針對基因改造科技作成基因重組實驗守則，以加強相關實驗之安全性與有效性。
農業委員會
基因改造動植物之田間試驗、繁殖養殖或栽種及其進出口管理之主管機關
由農業科技產業策進辦公室維護，提供農業科技領域之技術交易資訊。
由促進農業企業研發輔導計畫推動小組維護，提供農業科專計畫相關資訊。
由農業試驗所建置，提供基因轉殖植物生物安全評估之相關政策、法規、著作以及網路資源等資訊。
提供GMO相關政策法規、廠商機構、人才、產業技術以及研究計畫成果等資訊。
提供農業生技相關之政策法規、技術與產業之即時訊息。
消費者保護委員會
衛生署
衛生署藥物食品檢驗局所建置之網站，針對基因改造食品之相關議題提供各面項之討論與介紹，也針對基因改造食品之標示與檢驗作業流程與方法給予說明。
提供包括基因改造食品等食品衛生管理宣導資訊與相關公告。
提供包括基因改造食品在內之藥品、食品、化妝品等背景知識與資訊。
環境保護署
遺傳工程環境用藥微生物製劑之開發試驗研究及上市審查之主管機關
經濟部工業局
屬經濟部轄下，負責建立並改善國內生技與醫藥工業之研發、投資環境。成立行政院生物技術產業單一窗口，以協助加強生物科技產業推動工作。